Arrêt maladie longue durée freelance 2026 : IJSS, cotisations et dividendes pendant l'arrêt

Une opération chirurgicale, un burn-out sévère, une maladie chronique — et votre activité freelance s'arrête brutalement pendant des semaines, voire des mois. Que vous soyez président de SASU (assimilé salarié CPAM) ou gérant d'EURL (travailleur non salarié relevant de la SSI), les règles sont radicalement différentes : montant des indemnités, carence, cotisations minimales qui continuent de tomber, dividendes autorisés ou non pendant l'arrêt. Ce guide fait le tour complet de la situation pour 2026.

1. Le régime social détermine tout : CPAM (SASU) vs SSI (EURL/EI)

La différence de protection sociale entre une SASU et une EURL n'est jamais aussi visible que lors d'un arrêt maladie prolongé. Le président de SASU est affilié au régime général de la Sécurité sociale (CPAM) comme un salarié classique, tandis que le gérant majoritaire d'EURL ou l'EI relève de la Sécurité Sociale des Indépendants (SSI).

Le plafond des IJSS SASU est calculé sur le Salaire Journalier de Base (SJB) : somme des salaires bruts des 3 derniers mois civils ÷ 91,25. Si vous vous versez 3 000 € bruts/mois, votre SJB est de 98,63 €, et vos IJSS atteignent 49,32 €/j les 30 premiers jours, puis 65,75 €/j au-delà (sans enfants). Avec un salaire de 5 000 € bruts/mois (SJB ~164 €), vous atteignez le plafond d'environ 114 €/jour.

Côté SSI, le calcul est différent : les IJSS sont basées sur le revenu annuel moyen des 3 derniers exercices déclarés, divisé par 365. Pour un gérant d'EURL déclarant 60 000 € de revenus, les IJSS SSI atteignent ~164 €/j, mais le plafond est fixé à 1/365 du PASS, soit~129 €/j en 2026 pour les indemnités de longue maladie au taux des 2/3. Le plafond est bien inférieur à ce que laisse entendre le taux apparent. En pratique, avec 3 ou moins d'enfants, les IJSS SSI plafonnent à~31,76 €/j (50 % × 1/730 × PASS pour les 30 premiers jours).

Pour en savoir plus sur les montants détaillés par statut, consultez notre guide sur les indemnités journalières freelance 2026.

2. Court vs long arrêt : les seuils qui changent tout

Un arrêt de quelques jours (grippe, fracture légère) ne fonctionne pas de la même façon qu'un arrêt de plusieurs mois (cancer, dépression sévère, chirurgie lourde). Les règles évoluent à plusieurs seuils clés :

Avant le 30e jour (court arrêt) : le taux CPAM est de 50 % du SJB dans les deux régimes. Seul le plafond diffère radicalement (114 €/j CPAM vs 31,76 €/j SSI). C'est déjà là que l'écart SASU/EURL est le plus visible.

À partir du 31e jour (long arrêt) : le taux CPAM monte à 66,66 % du SJB si vous avez au moins 3 enfants à charge, ou reste à 50 % sinon. En SSI, le taux passe aussi aux 2/3 sous condition de 3 enfants. En pratique, pour la plupart des freelances sans grande famille, le taux reste à 50 % dans les deux régimes — l'écart tient au plafond, pas au taux.

Au-delà du 90e jour : la CPAM peut exiger une visite auprès d'un médecin-conseil pour vérifier l'incapacité. Les IJSS peuvent être suspendues si la reprise est jugée médicalement possible. Pour les TNS (SSI), un contrôle médical est aussi possible, mais la procédure est gérée par la CPAM pour le compte de la SSI depuis la fusion des caisses.

La limite des 360 jours : les IJSS maladie ordinaire sont limitées à 360 jours sur une période de 3 ans. Au-delà, si l'arrêt se prolonge, c'est l'invalidité qui peut prendre le relais (pension d'invalidité CPAM ou SSI) — un dispositif distinct avec ses propres règles.

3. L'Affection Longue Durée (ALD) : la vraie protection des maladies graves

Pour les maladies les plus graves (30 pathologies listées à l'art. D322-1 CSS, dont le cancer, le diabète, les maladies cardiovasculaires, la sclérose en plaques, les maladies psychiatriques longues), le dispositif ALD change radicalement la donne.

En ALD, les soins liés à la pathologie sont pris en charge à 100 %par l'Assurance Maladie (sans reste à charge sur les actes et médicaments en rapport avec l'ALD). Surtout, la durée maximale des IJSS est supprimée : vous pouvez percevoir des indemnités journalières pendant toute la durée de votre incapacité de travail, sans limite de 360 jours.

La reconnaissance ALD est décidée par le médecin-conseil de la CPAM sur demande de votre médecin traitant. La procédure prend généralement 2 à 4 semaines. Si vous êtes en SASU et que vous avez une maladie chronique grave, demandez systématiquement la reconnaissance ALD — c'est le filet de protection le plus solide qui existe dans le système français.

En SSI (EURL/EI), le mécanisme ALD existe aussi, avec le même principe de suppression de la limite des 360 jours, mais le montant des IJSS reste plafonné au même niveau faible (~31,76 €/j). La reconnaissance ALD sans prévoyance complémentaire reste insuffisante pour un TNS.

4. Les cotisations minimales : le piège EURL pendant l'arrêt

C'est l'un des aspects les plus pénibles d'un arrêt maladie prolongé pour les TNS : les cotisations minimales SSI continuent de tomber même si vous ne percevez aucun revenu.

En 2026, un gérant d'EURL ou un EI au réel doit payer environ 1 400 €/an de cotisations minimales, réparties en deux branches principales :

Ces cotisations sont dues même si votre chiffre d'affaires est nul. En cas d'arrêt de 4 mois, vous devrez donc payer environ 467 € de cotisations sur la période, en plus de gérer l'absence de revenus.

Il est possible de demander un étalement ou une remise de cotisationsà l'URSSAF en cas de difficultés avérées (formulaire en ligne sur urssaf.fr, via la Commission des Chefs des Services Financiers — CCSF). Les remises partielles sont accordées dans certains cas de force majeure médicale, mais elles ne sont pas automatiques.

En SASU, la situation est radicalement différente : si vous ne vous versez aucun salaire pendant l'arrêt, vous ne devez aucune cotisation patronale ou salariale. Les IJSS CPAM continuent de vous être versées (calculées sur les 3 mois précédant l'arrêt), sans impact sur les charges de la société. Seules les cotisations à la retraite complémentaire AGIRC-ARRCO peuvent être suspendues si la DSN est mise à néant — ce qui est techniquement possible mais doit être géré avec votre logiciel de paie.

Pour un aperçu complet des cotisations minimales par statut, voir notre article sur les cotisations minimales URSSAF TNS 2026.

5. Dividendes pendant un arrêt maladie : ce qui est autorisé

Pendant un arrêt maladie, vous avez besoin de revenus. Les dividendes sont-ils autorisés ? La réponse dépend entièrement de votre statut.

En SASU : les dividendes ne sont pas impactés par votre arrêt maladie. Ils sont soumis au PFU de 31,4 % et ne génèrent aucune cotisation sociale. La CPAM ne tient pas compte des dividendes pour le calcul ou le maintien de vos IJSS — seule votre rémunération de président (votre salaire) entre dans le calcul du SJB. Vous pouvez donc distribuer des dividendes librement pendant votre arrêt, sous réserve que la société ait des bénéfices distribuables (après approbation des comptes ou acomptes sur dividendes en cours d'exercice si les conditions légales sont remplies).

Attention toutefois : les acomptes sur dividendes en SASU nécessitent un bilan intermédiaire certifié montrant que les réserves distribuables sont suffisantes. Ce n'est pas automatique — consultez votre expert-comptable.

En EURL : la situation est plus complexe. Les dividendes versés au-delà de 10 % du capital social + primes d'émission + comptes courants d'associés sont soumis aux cotisations SSI (~45 %). Cela signifie que si votre capital est de 1 € (cas très fréquent), pratiquement tous vos dividendes sont soumis à cotisations SSI — et ces cotisations s'ajouteront aux cotisations minimales déjà dues pendant l'arrêt.

En revanche, si votre capital EURL est suffisamment élevé (par exemple 50 000 €), vous pouvez distribuer jusqu'à 5 000 €/an en dividendes sans déclencher de cotisations SSI supplémentaires — un matelas de trésorerie utile en cas d'arrêt.

Pour tout savoir sur l'optimisation des dividendes par statut, consultez nos guides sur les dividendes SASU 2026 et les dividendes EURL 2026.

6. Mise en sommeil ou maintien de la structure pendant l'arrêt ?

Si votre arrêt maladie se prolonge au-delà de 3-6 mois et que vous n'avez aucun client actif, la question de mettre votre société en sommeilpeut se poser.

La mise en sommeil suspend temporairement l'activité commerciale sans fermer la société (art. L123-10 Code de commerce). Elle coûte environ 60 € au greffe (formulaire M2). En SASU, cela n'impacte pas vos droits aux IJSS CPAM — ceux-ci sont calculés sur vos salaires passés, pas sur votre activité actuelle. En EURL, la mise en sommeil peut permettre de démontrer l'absence de revenus pour demander une remise partielle des cotisations minimales SSI, sans garantie.

En revanche, la mise en sommeil n'est pas adaptée si :

• Vous avez des clients en cours avec des contrats actifs (obligation de livrer)
• Votre arrêt est prévu pour moins de 2 mois (la procédure de mise en sommeil prend du temps et des frais)
• Vous souhaitez garder la capacité de facturer ponctuellement si votre état de santé le permet

Pour une analyse complète de la mise en sommeil et de ses alternatives, voir notre guide sur la mise en sommeil SASU/EURL 2026.

7. Le mi-temps thérapeutique : reprendre progressivement

Le mi-temps thérapeutique (reprise à temps partiel pour motif thérapeutique) permet de reprendre une activité réduite tout en continuant à percevoir une partie des IJSS.

En SASU (CPAM) : le dispositif est bien encadré. Si votre médecin traitant prescrit une reprise en mi-temps thérapeutique, la CPAM peut maintenir une partie des IJSS (la différence entre votre revenu habituel et votre revenu réduit à temps partiel), pendant une durée maximale d'1 an. En pratique, le président de SASU peut réduire son salaire pendant la période de mi-temps thérapeutique, et percevoir un complément CPAM pour compenser la perte de revenus. La CPAM doit valider le dispositif via son médecin-conseil.

En EURL/EI (SSI) : le mi-temps thérapeutique existe aussi, mais il est plus difficile à mettre en œuvre pour les indépendants car la notion de "temps partiel" est moins claire pour une activité non salariée. La SSI peut maintenir une fraction des IJSS si le médecin-conseil valide la reprise partielle. En pratique, si vous reprenez quelques missions légères, les IJSS peuvent être réduites proportionnellement — la règle est moins favorable qu'en CPAM.

Dans les deux cas, n'attendez pas pour informer votre caisse : toute reprise d'activité non déclarée pendant un arrêt maladie peut entraîner une demande de remboursement des IJSS perçues à tort, plus des pénalités.

8. La prévoyance : le complément indispensable pour les TNS

Avec des IJSS SSI plafonnées à ~31,76 €/j (~953 €/mois), un arrêt maladie prolongé est financièrement catastrophique pour un gérant d'EURL ou un EI sans prévoyance complémentaire.

Pour les TNS (EURL, EI) : contrat Madelin prévoyance. Les contrats Madelin prévoyance permettent de souscrire une couverture complémentaire (indemnités journalières complémentaires, invalidité, décès) dont les primes sontdéductibles du revenu imposable dans la limite de 3,75 % du bénéfice net imposable + 7 % du PASS (art. 154 bis CGI). En pratique, pour un gérant d'EURL dégageant 60 000 € de bénéfice :

• Plafond Madelin prévoyance 2026 : 3,75 % × 60 000 € + 7 % × 47 100 € = 2 250 € + 3 297 € = 5 547 €/an de primes déductibles
• Une couverture IJ complémentaire de 100-150 €/j supplémentaires coûte typiquement 800-1 500 €/an HT selon votre âge et votre état de santé
• Effet fiscal : si votre TMI est à 30 %, chaque euro de prime Madelin vous coûte réellement 0,70 € après déduction fiscale

Pour les assimilés salariés (SASU) : prévoyance via DUE. Le président de SASU peut mettre en place une prévoyance d'entreprise via une Décision Unilatérale de l'Employeur (DUE), dont les cotisations patronales sont exonérées de charges sociales dans la limite de 8 % du PASS (3 768 €/an en 2026) et déductibles de l'IS. La couverture est généralement meilleure que le Madelin (l'IJSS CPAM de base étant déjà plus élevée, le complément nécessaire est moindre).

Pour un comparatif complet des options de prévoyance selon votre statut, consultez notre guide sur la mutuelle et prévoyance freelance 2026.

9. Cas chiffré : 4 mois d'arrêt à 80 000 € de CA

Prenons Sophie, consultante en stratégie digitale, avec un CA de 80 000 €/an. Elle est victime d'un problème cardiaque nécessitant une opération et 4 mois d'arrêt complet (120 jours, dont 3 de carence = 117 jours indemnisés).

Scénario A : Sophie est présidente de SASU, salaire 3 000 €/mois brut

• SJB = (3 × 3 000 €) / 91,25 = 98,63 €/j
• IJSS CPAM pendant 30 jours : 98,63 × 50 % = 49,32 €/j → 30 × 49,32 = 1 479,60 €
• IJSS CPAM du 31e au 117e jour (87j) : 98,63 × 50 % = 49,32 €/j → 87 × 49,32 = 4 290,84 €
• Total IJSS brutes sur 120j : 5 770,44 € (soit ~1 443 €/mois, imposable IR)
• Cotisations sociales pendant l'arrêt : 0 € (aucun salaire versé pendant l'arrêt)
• Dividendes possibles depuis la trésorerie SASU : oui, sans restriction
• Charges fixes de la SASU : comptabilité, CFE, assurances ≈ 2 000-3 000 €/an (pro rata ~1 000 € sur 4 mois)
• Manque à gagner net vs activité normale : ~16 000 € de CA × 4 mois × marge nette − 5 770 € IJSS ≈ très variable selon la trésorerie disponible

Scénario B : Sophie est gérante d'EURL, rémunération 3 000 €/mois net

• IJSS SSI sur 117 jours : ~31,76 €/j (plafond SSI) → 3 716 € bruts
• Cotisations minimales maintenues : ~467 € sur 4 mois
• Total net perçu (IJSS − cotisations minimales) : ~3 249 € sur 4 mois, soit ~812 €/mois
• Dividendes EURL : si capital = 1 €, pratiquement tous soumis à SSI ~45 % → peu avantageux
• Charges fixes : comptabilité, CFE ≈ 500-800 € sur 4 mois
• Écart vs Scénario A : ~2 521 € de moins en IJSS, plus ~467 € de cotisations → Sophie perd ~3 000 € supplémentaires vs sa situation SASU sur 4 mois, hors prévoyance complémentaire

Sans prévoyance Madelin, Sophie B (EURL) est dans une situation financière difficile. Avec un contrat Madelin prévoyance lui couvrant 100 €/j supplémentaires (~1 200 € de primes/an déductibles), elle récupère ~11 700 € sur 4 mois (117j × 100 €), ce qui change radicalement la situation.

10. Les 6 pièges à éviter

1. Oublier de transmettre l'arrêt de travail dans les 48 heures. L'arrêt maladie doit être envoyé à votre caisse (CPAM ou SSI) dans les 48 heures suivant la prescription médicale, sous peine de retenue sur les IJSS (1/50 du montant journalier par jour de retard en CPAM, réduction de la durée indemnisée en SSI). Envoyez aussi le volet "employeur" à votre propre SASU (en tant que président-employeur) dans le même délai.

2. Continuer à se verser un salaire en SASU sans ajuster la DSN. Si vous continuez de vous verser votre salaire habituel pendant l'arrêt, les IJSS CPAM se cumulent avec votre salaire, ce qui est illégal et donne lieu à remboursement des IJSS perçues à tort. Pendant l'arrêt, soit vous cessez le salaire (DSN à néant ou maintien de salaire réduit avec subrogation), soit votre société maintient le salaire via la subrogation (la société reçoit les IJSS à votre place et vous verse votre salaire intégral — option disponible si prévu dans la DUE ou le règlement intérieur).

3. Négliger la condition d'ouverture de droits en début d'activité. Les IJSS ne sont pas automatiques. En CPAM (SASU), il faut avoir travaillé au moins 200 heures au SMIC sur les 3 derniers mois civils OU avoir cotisé sur au moins ~1 600 € de salaire brut. En SSI, il faut avoir déclaré des revenus supérieurs à 4 166 € sur les 12 derniers mois. Si vous venez de créer votre structure ou si vous venez d'interrompre votre activité depuis plus d'un an, vous risquez de n'avoir aucun droit ouvert.

4. Reprendre une activité sans prévenir la caisse (même légère). Toute reprise d'activité, même une simple réunion client facturée, suspend en théorie vos droits aux IJSS pour la journée concernée. En pratique, les caisses distinguent de plus en plus les activités "de gestion courante de l'entreprise" (signer un contrat, répondre à un email) des "actes médicaux et de soin incompatibles avec le travail", mais la frontière est floue. Déclarez au préalable toute reprise partielle à votre caisse.

5. Confondre invalidité et arrêt maladie. Si l'arrêt se prolonge au-delà de 360 jours (ou au-delà des droits disponibles), c'est le régime d'invalidité qui peut prendre le relais — un dispositif distinct avec ses propres conditions (perte d'au moins 2/3 de capacité de travail). En SASU, la pension d'invalidité CPAM peut atteindre 30-50 % du salaire moyen selon la catégorie. En SSI, la rente invalidité est calculée selon la catégorie SSI. Si l'arrêt risque de durer, demandez à votre médecin de solliciter la CPAM pour une reconnaissance en invalidité avant la fin de vos droits IJSS.

6. Sous-estimer le coût d'un arrêt prolongé sans prévoyance. La plupart des freelances ne souscrivent pas de prévoyance complémentaire avant d'en avoir besoin — et il est alors trop tard (les contrats Madelin comportent souvent un délai de carence de 3 à 12 mois et peuvent exclure les affections déjà diagnostiquées). Souscrivez votre prévoyance dès la création de votre structure, pas au premier symptôme inquiétant.

Pour aller plus loin, consultez notre comparatif complet sur la protection sociale SASU vs EURL et notre guide sur les congés maternité/paternité freelance 2026 qui couvre des mécanismes similaires pour d'autres types d'arrêt.